光對(duì)食用色素具有較大的破壞性，必須盡可能保護(hù)成品不受光的直射。耐光性好的食用色素有檸檬黃、誘惑紅、亮藍(lán)；耐光性差的有赤蘚紅、靛藍(lán)。

高溫對(duì)食用色素也具有破壞性。用戶應(yīng)盡可能在低溫的時(shí)候加入食用色素，時(shí)間越晚越好。加入食用色素后，產(chǎn)品最好不需要進(jìn)一步加熱。耐熱性最好的是檸檬黃、日落黃、胭脂紅、誘惑紅、亮藍(lán)，靛藍(lán)不耐熱。

所有食用色素在酸堿條件下與金屬接觸褪色加快，尤其是在高溫下。檸檬黃、誘惑紅耐酸堿性較好，靛藍(lán)在酸堿條件下褪色很快，赤蘚紅在pH值小于4時(shí)會(huì)沉淀。所有合成色素都受還原劑的影響，很多情況下會(huì)完全褪色，如罐裝食品中金屬與酸性物質(zhì)發(fā)生反應(yīng)、加工水果時(shí)添加二氧化硫作防腐劑、加入維生素C、產(chǎn)品中滋生微生物等。

受高溫高壓影響，色素與蛋白質(zhì)發(fā)生反應(yīng)導(dǎo)致褪色，尤其是在加工魚(yú)肉制品時(shí)。